Este pueblo fue realizado por el arquitecto Francisco Giménez de la Cruz en el año 1948.
Las raíces históricas de Encinarejo son muy recientes, datan de los años 1950, aunque la ocupación humana en el pueblo es mucho más antigua, remotándose al siglo I, del que datan restos romanos encontrados, posiblemente un poblado romano denominado Auxinianos, según estudios realizados. Una villa tardorromana, de clara vocación agraria, duerme hoy bajo el pueblo. A este antiguo asentamiento le sucede un periodo de ocupación intermitente que terminará a finales de los años 1940. En 1949, el Instituto Nacional de Colonización expropió y fundó el actual pueblo de colonización bajo el nombre Encinarejo de los Frailes, convirtiéndose en uno de los primeros de España.
La localidad de Encinarejo tuvo su origen en una serie de asentamientos de chozas y casas. Se mantuvieron al menos 26 núcleos familiares compuestos por chozas y otras infraestructuras como pozos, cuadras y secaderos de tabaco.
La arquitectura del pueblo conserva el estilo colonial predominando los criterios de sencilles y austeridad, destacando su configuración ortogonal de calles perpendiculares y paralelas, con la plaza pública en el centro, Ayuntamiento e iglesia, creando así un estilo de clara vocación vanguardista, aunque guardando las reminiscencias de la arquitectura de colonización. Las modernas construcciones se han adaptado perfectamente al entorno, mezclándose lo antiguo y lo moderno sin causar ningún tipo de impacto antiestético.
En Encinarejo se disfruta de un entorno privilegiado, con su llana orografía y el paso del río Guadalquivir. Las vías de acceso son las siguientes: se toma la N-437 desde Córdoba hasta el aeropuerto de Córdoba, posteriormente se coge la carretera CH-2 hasta Encinarejo. También puede accederse por la A-431 a la altura de la barriada de Villarrubia.